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Covid-19 : Les supercalculateurs Joliot-Curie et Occigen mobilisés pour la recherche médicale

L'agence de calcul intensif GENCI indique que plus de 20 projets scientifiques européens sur les traitements du Covid-19 sont rendus possibles grâce à la puissance des supercalculateurs français Joliot-Curie et Occigen. Parmi ces projets, on trouve des recherches sur les médicaments antipaludiques, la simulation de différentes protéines…  
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Covid-19 : Les supercalculateurs Joliot-Curie et Occigen mobilisés pour la recherche médicale
Covid-19 : Les supercalculateurs Joliot-Curie et Occigen mobilisés pour la recherche médicale © CEA

Les supercalculateurs français Joliot-Curie et Occigen fournissent depuis plusieurs semaines un accès prioritaire à une grande partie de leurs ressources de calcul à des équipes de chercheurs européens. Le contenu de ces travaux a été publié le 28 avril 2020 dans un communiqué de presse. L'agence nationale du calcul intensif GENCI note que plus de 20 projets scientifiques liés au Covid-19 bénéficient aujourd'hui des ressources de deux machines.

Identifier des molécules et tester des médicaments

Le supercalculateur Joliot-Curie est installé et exploité au sein du Très Grand Centre de Calcul du Commissariat à l'énergie atomique (CEA) à Bruyères-le-Châtel dans l'Essonne. Avec ses 22 pétaflops par seconde, il s'agit du supercalculateur le plus puissant en France dédié à la recherche académique et industrielle ouverte.

Trois projets sont menés grâce à sa puissance de calcul. Ils s'inscrivent dans le cadre du projet FastTrackCOVID-19 de l'association internationale Partnership for Advanced Computing in Europe (PRACE). Le premier projet porte sur la simulation de protéines fonctionnelles du SARS-CoV-2 pour comprendre les mécanismes de l'infection virale. Le deuxième utilise le criblage informatique –  une technique pour la création de médicaments – pour identifier les molécules capables de bloquer le virus. Enfin, le dernier projet combine l'étude des médicaments antipaludiques  sur divers types de rythme cardiaque humain en tenant compte d’une variété de comorbidités qui peuvent être présentes dans la population infectée.

Parmi les projets Covid-19 qui utilisent la machine Occigen, les scientifiques effectuent des simulations pour étudier les enzymes hélicases SARS-CoV-2 afin de mieux comprendre la constitution génétique du virus. Un autre projet, s’appuyant sur des méthodes de criblage informatique, teste virtuellement plus d’un 1,5 milliard de molécules dont mille seront synthétisées et testées en laboratoire pour leur capacité à inhiber le virus. Ces tests virtuels sont rendus possible grâce à la puissance de calcul d'Occigen utilisant 40 000 cœurs par jour, soit environ la moitié de sa capacité globale constituée de 86 000 cœurs pour une puissance maximale de 3,5 pétaflops par seconde.

Folding@Home franchi la barrière de l'exaflop

Dans le monde, des outils de calcul intensif ont pris un nouveau tournant avec le Covid-19. Depuis le début de la crise sanitaire, le projet de recherche médicale Folding@Home ne cesse de gagner des utilisateurs. Créé dans les années 2000 et historiquement soutenu par Google, Folding@Home repose sur la puissance de calcul non-utilisée des ordinateurs personnels d’utilisateurs volontaires. Le 25 mars 2020, il a franchi la barrière de l'exaflop, soit un milliard de milliards d'opérations en virgule flottante par seconde... ce qui rend le programme 10 fois plus rapide que Summit, le supercalculateur le plus rapide au monde à l’heure actuelle.

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