L'université d'Oxford et Oracle développent une plateforme d'identification des variants du Covid-19

L'université d'Oxford fait appel au cloud d'Oracle pour développer un outil d'analyse et de détection des variants du SARS-CoV-2. L'objectif est de pouvoir rapidement les identifier et comprendre leurs impacts sur les vaccins existants. Une fois finalisée, cette plateforme sera mise à la disposition des chercheurs et des ONG gratuitement.

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L'université d'Oxford et Oracle développent une plateforme d'identification des variants du Covid-19

L'apparition de variants du SARS-CoV-2, le virus responsable du Covid-19, peut considérablement compromettre la sortie de crise. C'est la raison pour laquelle l'université d'Oxford travaille activement sur ce sujet. Elle vient d'annoncer un partenariat avec l'entreprise américain de cloud computing Oracle pour développer une plateforme visant à accélérer l'identifiant de variants.

Cette initiative s'appuie sur les travaux d'un consortium financé par Wellcome Trust, une fondation caritative médicale britannique, incluant les systèmes de santé gallois et britannique ainsi que l'université de Cardiff.

etablir une norme mondiale
Ce "système mondial d'analyse des pathogènes" combine une plateforme d'Oxford dédiée à la détection des pathogènes – baptisée "Scalable Pathogen Pipeline Platform" – et la plateforme cloud d'Oracle. Il vise à "établir une norme commune mondiale pour le séquençage et l'analyse" du Covid-19, a détaillé Derrick Crook, professeur de microbiologie dans le département de médecin à l'université d'Oxford. La plateforme sera par exemple capable d'identifier des variants et leur potentiel impact sur les vaccins existants.

Le chercheur a ajouté que "ce nouvel outil permettra aux scientifiques des établissements de recherche, des agences de santé publique, des services de santé er des entreprises spécialisées dans le diagnostic du monde entier de contribuer à une meilleure compréhension des maladies infectieuses, à commencer par le coronavirus".

Séquencer le genome des virus
Utilisée pour la première fois pour la tuberculose, la "Scalable Pathogen Pipeline Platform" a été mise à contribution pour analyser et comparer les données de séquençage du SARS-CoV-2. Elle a permis de produire des séquences génomiques annotées et identifiant de nouveaux variants. Le cloud d'Oracle permet d'accélérer ces analyses. "La possibilité d'effectuer un examen systématique des variants génétiques dans une gamme d'agents pathogènes aura des avantages majeurs pour la santé publique mondiale", s'est félicité John Bell, professeur de médecine à l'université d'Oxford.

Une fois finalisée, la plateforme sera mise gratuitement à la disposition des chercheurs et des ONG.

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