Nvidia, Lenovo, Intel... Les acteurs du calcul intensif s'impliquent dans l'analyse génomique du Covid-19

Nvidia, Lenovo, Intel… ont décidé de mettre à profit leurs outils pour aider les chercheurs du monde entier à travailler sur l'analyse génomique du nouveau coronavirus (SARS-CoV-2) ou des personnes contaminées. Le génome est le support de l'information génétique et son séquençage permet d'obtenir des informations essentielles sur le fonctionnement du virus. Il peut s'avérer très utile, par exemple pour trouver un traitement ou un vaccin.

Nvidia met à disposition "Parabricks"

Nvidia a annoncé, le 20 mars 2020, la mise à disposition de "Parabricks" aux chercheurs du monde entier pour 90 jours. Ce logiciel utilise les GPU Nvidia pour réduire le temps habituellement nécessaire pour analyser un génome. Moins d'une heure suffit pour effectuer cette tâche, contre plusieurs heures voire plusieurs jours d'habitude. Vu la rapidité avec laquelle se propage le Covid-19, ce temps est très précieux. Il suffit de remplir un formulaire pour demander la licence.

L'objectif n'est pas de séquencer le génome des personnes malades mais celui du virus. En effet, cette étape est nécessaire pour comprendre ses caractéristiques et son fonctionnement pour, à terme, trouver des traitements efficaces.

Lenovo et Intel s'associent à BGI

De leurs côtés, Lenovo et Intel se sont associés au Beijing Genomics Institute (BGI), l'un des plus grands centres de séquençage de l'ADN au monde. Les deux entreprises mettent à disposition de l'institut "des techniques d'analyse informatique et génomique", dont un supercalculateur.

L'objectif est de séquencer le génome des personnes malades. A quoi cela sert ? La comparaison des séquences génomiques de différentes personnes contaminées peut par exemple permettre de savoir si le virus a muté. En effet, il ne suffit pas de comprendre le virus pour endiguer la pandémie, décoder les relations entre le coronavirus et son hôte est indispensable.

Folding@Home, un outil pour comprendre le repliement des protéines

De son côté, Folding@Home travaille sur le repliement des protéines en jouant sur plusieurs variables comme la température ou la pression. Les chercheurs à l'origine du logiciel ont fait savoir qu'ils mettaient cet outil à disposition pour lutter contre le coronavirus.

Folding@Home était déjà impliqué dans la recherche sur le cancer et la maladie d'Alzheimer. Son fonctionnement fait sa particularité car il repose sur la puissance de calcul non-utilisée des ordinateurs personnels de citoyens volontaires. Cela permet de donner grauitement aux chercheurs une plus grande puissance de calcul pour accélérer l'obtention de résultats. Le logiciel est disponible pour Windows, macOS et Linux. Une fois installé, l'internaute n'a rien à faire de particulier et pourra ajuster la puissance qu'il souhaite attribuer.

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