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Nvidia optimise les capacités de sa plate-forme médicale Clara pour lutter contre Covid-19

Pour aider dans la lutte contre Covid-19, Nvidia présente une série de mises à jour de sa plate-forme de calcul Clara, spécialisée dans l'imagerie médicale et la génomique. Au menu : record dans le séquençage de génome, nouveaux algorithmes de détection des lésions pulmonaires et hôpitaux connectés.
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Nvidia optimise les capacités de sa plate-forme médicale Clara pour lutter contre Covid-19
Nvidia optimise les capacités de sa plate-forme médicale Clara pour lutter contre Covid-19 © Nvidia

Nvidia a annoncé le 14 mai 2020 une série de mises à jour pour sa plate-forme Clara, qui applique les capacités des GPU Nvidia pour le deep learning aux domaines de l'imagerie médicale et de la génomique. L'un des objectifs mis en avant par l'entreprise avec cette mise à jour est évidemment d'aider dans la lutte contre la maladie Covid-19.

"La pandémie de Covid-19 a renforcé la collaboration entre la technologie, la recherche et l'industrie médicale pour développer de nouvelles solutions informatiques qui accélèrent la compréhension de la propagation, de l'ampleur et de la gravité de cette maladie", a déclaré Kimberly Powell, VP of Healthcare chez Nvidia.

Temps record du séquençage génomique

En premier lieu, Nvidia annonce un record dans le séquençage de l'ADN et de l'ARN. La plate-forme Clara a pour ce faire été couplée avec la suite logicielle Nvidia Parabricks, spécialisée dans l'analyse génomique. Grâce à son nouveau GPU, le Nvidia A100, Parabricks a réussi à séquencer un génome en seulement 20 minutes, contre plusieurs heures (voire jours) habituellement. Pour faciliter l'utilisation de cet outil à grande échelle, Nvidia s'est rapproché de l'entreprise américaine DNAnexus, qui fournit une plate-forme d'analyse et de gestion des données génomiques basée sur le cloud. A noter que depuis mars 2020, le logiciel Parabricks a été mis gratuitement à disposition des chercheurs travaillant sur le Covid-19 pour 90 jours.

Dans le cadre de la crise sanitaire, l'analyse génomique est une arme indispensable pour comprendre le fonctionnement du SARS-CoV-2 et par conséquent optimiser la découverte d'un traitement ou d'un vaccin. Par exemple, la comparaison des séquences génomiques de différentes personnes contaminées peut permettre de savoir si le virus a muté.

Nouveaux algorithmes de détection de maladies

Nvidia annonce également le développement de nouveaux algorithmes pour aider les chercheurs à détecter et étudier les scanners thoraciques des personnes infectées. Ces modèles ont été directement intégrés dans Clara. Ces clichés médicaux constituent une source très importante d'information car dans certains cas le SARS-CoV-2 s'attaque aux poumons des malades, provoquant des lésions visibles grâce à l'imagerie médicale. Les modèles ont été conçus en collaboration avec les Instituts américains de la santé (NIH) grâce à des sets de données issus de pays où le taux de contamination est très élevé comme en Chine, en Italie, au Japon et aux États-Unis.

 


Nvidia note qu'il est difficile de pouvoir partager le fruit de ses travaux tout en respectant la vie privée des patients. Grâce à la collaboration avec le réseau hospitalier américain "Partners HealthCare", l'entreprise tente de développer un modèle participatif respectueux du secret médical. 

Rendre les hôpitaux connectés

Enfin, Nvidia annonce le lancement de Clara Guardian, dont l'objectif est d'offrir un portefeuille de solutions (analyse vidéo et reconnaissance automatique de la parole) reposant sur l'IA aux hôpitaux. Deux cas d'usage sont présentés par l'entreprise. Le premier concerne la surveillance des gestes barrières (port du masque, distanciation sociale…). Le second porte sur les appareils de surveillance des patients qui pourront être transformés en "capteurs intelligents" capables de mesurer la température corporelle par exemple. Clara Guardian fonctionne déjà avec AnyVision, BriefCam, Care.ai, Chooch AI, Deep Vision, Diycam, IntelliSite, Malong Technologies, Ouva, SafelyYou, SAFR, SmartCow, TeiaCare et Whiteboard Coordinator.  Actuellement, le dispositif est testé dans 50 hôpitaux et 10 000 chambres à travers le monde.

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